Научная
деятельность
Университет ИТМО

Меню

Публикации

1. Lampropoulou V., Sergushichev A.A., Bambouskova M., Nair S., Vincent E.E., Loginicheva E., Cervantes-Barragan L., Ma X., Huang S., Griss T., Weinheimer C.J., Khader S.A., Randolph G.J., Pearce E.J., Jones R.G., Diwan A., Diamond M.S., Artyomov M.N. Itaconate Links Inhibition of Succinate Dehydrogenase with Macrophage Metabolic Remodeling and Regulation of Inflammation // Cell Metabolism - 2016, Vol. 24, No. 1, pp. 158–166


2. Сергушичев А.А., Александров А.В., Казаков С.В., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Совместное применение графа де Брейна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома // Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия: Математика. Механика. Информатика - 2013. - Т. 13. - № 2-2. - С. 51–57


3. Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов Де Брюина и графов перекрытий // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики - 2012. - № 6(82). - С. 93-98


4. Aleksandrov A.V., Tsarev F.N., Kazakov S.V., Sergushichev A.A., Shalyto A.A. The use of evolutionary programming based on training examples for the generation of finite state machines for controlling objects with complex behavior // Journal of Computer and Systems Sciences International - 2013, Vol. 52, No. 3, pp. 410-425


5. Aleksandrov A.V., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Tsarev F.N. Genetic algorithm for induction of finite automata with continuous and discrete output actions // Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO'11 - Companion Publication - 2011, pp. 775-778


6. Sergushichev A.A., Loboda A.A., Jha A.K., Vincent E.E., Driggers E.M., Jones R.G., Pearce E.J., Artyomov M.N. GAM: a web-service for integrated transcriptional and metabolic network analysis // Nucleic Acids Research - 2016, Vol. 44, No. 1, pp. W194-W200


7. Lu Q., Yokoyama C.C., Williams J.W., Baldridge M.T., Jin X., Desrochers B., Bricker T., Wilen C.B., Bagaitkar J., Loginicheva E., Sergushichev A., Kreamalmeyer D., Keller B.C., Zhao Y., Kambal A., Green D.R., Martinez J., Dinauer M.C., Holtzman M.J., Crouch E.C., Beatty W., Boon A.C., Zhang H., Randolph G.J., Artyomov M.N., Virgin H.W. Homeostatic Control of Innate Lung Inflammation by Vici Syndrome Gene Epg5 and Additional Autophagy Genes Promotes Influenza Pathogenesis // Cell Host and Microbe - 2016, Vol. 19, No. 1, pp. 102-113


8. Bradnam K.R., Fass J.N., Alexandrov A., Baranay P., Bechner M., Birol I., Boisvert S., Chapman J.A., Chapuis G., Chikhi R., Chitsaz H., Chou W., Corbeil J., Del Fabbro C., Docking T.R., Durbin R., Earl D., Emrich S., Fedotov P., Fonseca N.A., Ganapathy G., Gibbs R.A., Gnerre S., Godzaridis E., Goldstein S., Haimel M., Hall G., Haussler D., Hiatt J.B., Ho I.Y., Howard J., Hunt M., Jackman S.D., Jaffe D.B., Jarvis E.D., Jiang H., Kersey P.J., Kazakov S., Kitzman J.O., Knight J.R., Koren S., Lam T., Lavenier D., Laviolette F., Li Z., Li Y., Liu B., Liu Y., Luo R., Maccallum I., Macmanes M.D., Maillet N., Melnikov S., Naquin D., Ning Z., Otto T.D., Paten B., Paulo O., Phillippy A.M., Pina-Martins F., Place M., Przybylski D., Qin X., Qu C., Ribeiro F.J., Richards S., Rokhsar D.S., Ruby J.G., Scalabrin S., Schatz M.C., Schwartz D.C., Sergushichev A., Sharpe T., Shaw T.I., Shendure J., Shi Y., Simpson J.T., Song H., Tsarev F., Vezzi F., Vicedomini R., Vieira B.M., Wang J., Worley K.C., Yin S., Yiu S., Yuan J., Zhang G., Zhang H., Zhou S., Korf I.F. Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species // GigaScience - 2013, Vol. 2, No. 1, pp. 10


9. Loboda A.A., Artyomov M.N., Sergushichev A.A. Solving generalized maximum-weight connected subgraph problem for network enrichment analysis // Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics) - 2016, Vol. 9838, pp. 210-221


10. Lu Q., Yokoyama C.C., Williams J.W., Baldridge M.T., Jin X., Desrochers B., Bricker T., Wilen C.B., Bagaitkar J., Loginicheva E., Sergushichev A., Kreamalmeyer D., Keller B.C., Zhao Y., Kambal A., Green D.R., Martinez J., Dinauer M.C., Holtzman M.J., Crouch E.C., Beatty W., Boon A.C., Zhang H., Randolph G.J., Artyomov M.N., Virgin H.W. Homeostatic Control of Innate Lung Inflammation by Vici Syndrome Gene Epg5 and Additional Autophagy Genes Promotes Influenza Pathogenesis // Cell Host and Microbe - 2016, Vol. 19, No. 1, pp. 102-113


11. Izreig S., Samborska B., Johnson R.M., Sergushichev A., Ma E.H., Lussier C., Loginicheva E., Donayo A.O., Poffenberger M.C., Sagan S.M., Vincent E.E., Artyomov M.N., Duchaine T.F., Jones R.G. The miR-17 similar to 92 microRNA Cluster Is a Global Regulator of Tumor Metabolism // Cell Reports - 2016, Vol. 16, No. 7, pp. 1915-1928


12. Vincent E.E., Sergushichev A.A., Griss T., Gingras M., Samborska B., Ntimbane T., Coelho P.P., Blagih J., Raissi T.C., Choiniere L., Bridon G., Loginicheva E., Flynn B.R., Thomas E.C., Tavare J.M., Avizonis D.Z., Pause A.P., Elder D.J., Artyomov M.N., Jones R.G. Mitochondrial Phosphoenolpyruvate Carboxykinase Regulates Metabolic Adaptation and Enables Glucose-Independent Tumor Growth // Molecular Cell - 2015, Vol. 60, No. 2, pp. 195-207


13. Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Метод исправления ошибок в наборе чтений нуклеотидной последовательности // Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики - 2011. - № 5(75). - С. 81-84


14. Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Применение эволюционного программирования на основе обучающих примеров для генерации конечных автоматов, управляющих объектами со сложным поведением // Известия Российской академии наук. Теория и системы управления - 2013. - № 3. - С. 85-100


15. Сергушичев А.А., Царев Ф.Н. Сборка генома и технология MapReduce // Суперкомпьютеры - 2013. - № 4 (12). - С. 40-43


16. Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Генерация конечных автоматов для управления моделью беспилотного самолета // Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики - 2011. - № 2(72). - С. 3-11


17. Glotov A.S., Kazakov S., Zhukova E.A., Alexandrov A., Glotov O.S., Pakin V.S., Danilova M.M., Poliakova I.V., Niyazova S.S., Chakova N.N., Komissarova S.M., Kurnikova E.A., Sarana A.M., Sherbak S.G., Sergushichev A., Shalyto A., Baranov V.S. Targeted next-generation sequencing (NGS) of nine candidate genes with custom AmpliSeq in patients and a cardiomyopathy risk group // Clinica Chimica Acta - 2015, Vol. 446, pp. 132-140


18. Jha A.K., Huang S.C., Sergushichev A.A., Lampropoulou V., Ivanova Y., Loginicheva E., Chmielewski K., Stewart K.M., Ashall J., Everts B., Pearce E.J., Driggers E.M., Artyomov M.N. Network integration of parallel metabolic and transcriptional data reveals metabolic modules that regulate macrophage polarization // Immunity - 2015, Vol. 42, No. 3, pp. 419-430